Il termine può essere interrotto, una sola volta, qualora l'amministrazione che deve rendere il proprio assenso faccia presenti esigenze istruttorie o presenti richieste di modifica, motivate e formulate entro lo stesso termine. In tali casi, l'assenso, il concerto o il nulla osta sono resi nei successivi trenta giorni dalla ricezione degli elementi istruttori o dello schema di provvedimento.
La novella è applicabile anche alle ipotesi in cui sia necessario l'assenso, il concerto o il nulla-osta di gestori di beni e/o servizi pubblici.
Fanno eccezione le amministrazioni cosiddette sensibili (Beni culturali e Salute) e quelle di tutela ambientale, paesaggistica e culturale per le quali si prevede un lasso di tempo maggiore, sino a 90 giorni prima di vedere scattare il silenzio assenso (sempre solo tra Pubbliche Amministrazioni). Una novità che ha suscitato anche polemiche per il timore che le sovrintendenze non riescano a far fronte alle richieste neanche in tre mesi.
In caso di mancato accordo tra le amministrazioni (ma solo statali) coinvolte, il Presidente del Consiglio, previa deliberazione del Consiglio dei ministri, decide sulle modifiche da apportare allo schema di provvedimento sottoposto all'esame (viene in tal modo disciplinata non un'ipotesi di silenzio assenso, ma un meccanismo di superamento del dissenso tra amministrazioni).
